Цель реализации программы:
Применение методов и инструментов биоинформатики для решения конкретных научно-исследовательских или прикладных задач биоинформатики от различных научных групп Томского государственного университета и партнеров университета.
Содержание программы:
В период прохождения практикума слушатель изучает следующие темы:
1) Способы организации поисковых исследований с данными биоинформатики
2) Инструменты биоинформатики для решения конкретных биомедицинских задач
3) Инструменты биоинформатики для решения конкретных биотехнологических задач
4) Инструменты биоинформатики для решения конкретных биологических задач
Примерные темы для индивидуального задания на практикум:
1) Паспортизация и идентификация сортов сои с использованием анализа SSRs локусов
2) Предсказание функциональных свойств химерного белка у малярийного комара Anopheles messeae с хромосомной инверсией 2R1
3) Анализ структуры, функций и эволюции белка репарации AGAP004286-PA у малярийного комара Anopheles gambiae
4) Метагеномика рака полости рта
5) Пространственная транскриптомика рака полости рта
6) Транскриптомика опухолевых гибридных клеток на уровне единичных клеток
7) Транскриптомика циркулирующих опухолевых клеток на уровне единичных клеток
8) Мутационный ландшафт рака лёгкого
9) Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) герминальных вариантов с риском метастазирования и рецидивирования рака лёгкого
10) Дизайн олигонуклеотидов для гибридизационного обогащения ДНК-последовательностей
11) Биоинформатический анализ публичных данных TCGA
12) Identification of stress-specific and common genes in selected plant species.
13) Evolution of plant-pathogen interaction pathway in kingdom plantae.
Трудоемкость обучения:
Трудоемкость обучения по данной программе составляет 72 академических часа, включая самостоятельную работу слушателей.
Форма обучения: очно с применением дистанционных образовательных технологий.
Аттестация слушателей:
Итоговая аттестация проводится в форме защиты презентации о выполненной работе.
После окончания обучения выдается удостоверение о повышении квалификации.
Преподаватели, руководители проектов:
Артемов Глеб Николаевич, кандидат биологических наук, доцент кафедры генетики и клеточной биологии БИ ТГУ, лаборатории экологии, генетики и охраны окружающей среды БИ ТГУ
Тимкин Павел Дмитриевич, исполняющий обязанности заведующего лабораторией биотехнологии ФГБНУ ФНЦ ВНИИ сои
Наваз Мухаммад Амджад, PhD, старший научный сотрудник, НОЦ ПИШ "Агробиотек" ТГУ
Курзина Ирина Александровна, д-р физ.мат. наук, зав. кафедрой ПСФиМХ ХФ ТГУ
Ямщиков Павел Сергеевич, младший научный сотрудник, лаборатория комплексного анализа больших данных био-изображений ТГУ, биоинформатик Лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии ТНИМЦ
Пономарева Екатерина Сергеевна, биотехнолог молекулярно-генетической лаборатории ООО "Биотроф"
Пензин Андрей Андреевич, младший научный сотрудник лаборатории биотехнологии ФГБНУ ФНЦ ВНИИ сои
Стоимость обучения:
20000 р.